Las fuerzas de seguridad cometieron casi con total impunidad violaciones de derechos humanos, como detenciones y reclusiones arbitrarias, uso de fuerza excesiva contra manifestantes y agresiones a periodistas y dirigentes de la oposición. No se juzgó con las debidas garantías a los opositores políticos del gobierno.
La situación política siguió siendo inestable y la comunidad internacional no pudo solucionar la crisis política que había comenzado en diciembre de 2008. Las negociaciones de Pretoria se rompieron en mayo. Se siguió manteniendo apartado a Madagascar de las organizaciones regionales e internacionales.
Andry Nirina Rajoelina, jefe del Estado y de la Alta Autoridad de Transición, destituyó a varios ministros. Siguió habiendo gran tensión en el seno del ejército. En mayo, al menos cuatro miembros del personal de seguridad murieron por disparos en los enfrentamientos que se produjeron en el campamento militar de Fort Duchesne. Tras este incidente se detuvo a algunos oficiales de alta graduación y al menos a 22 gendarmes. El 17 de noviembre, día en que se iba a celebrar un referéndum nacional, estalló un motín y algunos oficiales del ejército anunciaron la creación de un “consejo militar por el bienestar de la población”. Más tarde estos oficiales se entregaron a la Alta Autoridad de Transición.
En octubre se produjeron explosiones en diversos lugares, entre otros el Ministerio de Asuntos Exteriores.
En marzo se estableció la Comisión Electoral Nacional, y en noviembre y diciembre, respectivamente, se celebraron un referéndum nacional y elecciones locales. Se dispuso la celebración de elecciones presidenciales para el año 2011. Las autoridades prohibieron toda manifestación pública durante los periodos electorales.
ArribaLas fuerzas de seguridad dispersaron con violencia las manifestaciones públicas que periódicamente organizó la oposición, con resultado de muertes y lesiones. Los responsables de los actos de violencia gozaron de impunidad.
Las fuerzas de seguridad detuvieron y recluyeron arbitrariamente a opositores políticos contrarios a la Alta Autoridad de Transición y partidarios del ex presidente Marc Ravalomanana. Algunas personas a las que se había detenido en 2009 seguían detenidas. Al menos 18 personas recluidas se declararon en huelga de hambre.
Los periodistas continuaron siendo víctimas de acoso e intimidación. Fueron objeto de persecución los medios de comunicación privados y quienes se consideraba que tenían vínculos con la oposición, y se clausuraron al menos tres emisoras de radio.
En junio dio comienzo el juicio de las personas acusadas de los homicidios ilegítimos cometidos el 7 de febrero de 2009 en el palacio presidencial de Ambohitsorohitra. Al menos a 19 personas se les impusieron distintas penas de prisión. En el juicio no se respetaron las normas internacionales de justicia procesal. A algunos de los acusados se les negó el derecho a la defensa, el derecho a impugnar la legalidad de la detención, el derecho a una vista imparcial y el derecho a defenderse personalmente o por medio de un abogado.