Benigno “Noynoy” Aquino III inició su segundo año como presidente en junio. Continuaban saliendo a la luz casos de tortura, ejecuciones extrajudiciales y desapariciones forzadas, y seguían sin resolverse centenares de casos registrados en el pasado. En septiembre comenzó el primer proceso penal por tortura celebrado hasta la fecha. Hombres y mujeres continuaron sufriendo graves restricciones a su derecho a la salud sexual y reproductiva, incluido el acceso a métodos anticonceptivos. En agosto, Filipinas ratificó el Estatuto de Roma de la Corte Penal Internacional.
En febrero, el gobierno comenzó las conversaciones de paz con los dos principales grupos armados de oposición: el Frente Moro de Liberación Islámica y el Partido Comunista de Filipinas-Nuevo Ejército del Pueblo. Tras una disminución de las hostilidades, los enfrentamientos estallaron de nuevo meses después.
Periodistas y activistas políticos continuaban siendo víctimas de homicidios por motivos políticos. En noviembre, Estados Unidos anunció que retiraría parte de su ayuda militar hasta que Filipinas avanzase en la resolución de las ejecuciones extrajudiciales.
Seguían sin resolverse centenares de casos de desapariciones forzadas. Según cifras publicadas en agosto por la organización Familias de Víctimas de Desaparición Involuntaria, el promedio anual de desapariciones forzadas apenas había cambiado desde el derrocamiento de Ferdinand Marcos en 1986. El número de casos documentados durante sus 21 años de gobierno ascendía a 875, mientras que en los 25 años transcurridos desde entonces se habían registrado 945.
Por primera vez se procesó a miembros de las fuerzas de seguridad con arreglo a la legislación penal contra la tortura. Sin embargo, continuaron recibiéndose denuncias de tortura y otros malos tratos a manos de las fuerzas de seguridad. El procesamiento de presuntos delincuentes seguía dependiendo en gran medida de testimonios individuales, incluidas confesiones obtenidas bajo coacción.
Los activistas pacíficos corrían peligro de ser hostigados, detenidos y recluidos por las fuerzas armadas en zonas en donde se habían desplegado batallones.
Las políticas del gobierno sobre control de la natalidad discriminaban a las mujeres y vulneraban su derecho al disfrute del más alto nivel posible de salud, al restringir su acceso a los métodos anticonceptivos y a la información sobre planificación familiar. El aborto siguió penalizado en todas las circunstancias, a menos que una junta médica certificase que el embarazo ponía en peligro la vida de la mujer. Continuó en el Congreso el debate acerca del proyecto de ley sobre salud reproductiva, que pretendía eliminar los obstáculos y las prohibiciones existentes en relación con los servicios y la información relativos a la salud reproductiva.