Sudán del Sur se convirtió en Estado independiente el 9 de julio, seis meses después del referéndum celebrado en virtud del Acuerdo General de Paz de 2005. Continuaron las negociaciones con Sudán en relación con el reparto del petróleo, la ciudadanía y la demarcación de fronteras. El conflicto armado y la violencia entre comunidades causaron desplazamientos masivos, homicidios y destrucción de bienes. Las fuerzas de seguridad detuvieron y recluyeron arbitrariamente a periodistas, miembros de grupos opositores y manifestantes. Continuaron regresando de Sudán numerosas personas originarias de Sudán del Sur y hubo también una gran afluencia de personas refugiadas de Sudán.
La Asamblea Legislativa de Sudán del Sur adoptó la Constitución de Transición de la República de Sudán del Sur, que entró en vigor el 9 de julio y por un periodo provisional indefinido. Una disposición de la Constitución de Transición permitía la integración en la Asamblea Legislativa de Sudán del Sur de los miembros del Parlamento de Sudán originarios del sur.
La Misión de Asistencia de las Naciones Unidas en la República de Sudán del Sur (UNMISS) comenzó oficialmente a ejercer sus funciones el 9 de julio y por un periodo inicial de un año. Sudán del Sur se convirtió en miembro de la ONU y de la Unión Africana ese mismo mes.
Algunos líderes de grupos armados de oposición firmaron acuerdos de alto el fuego con el gobierno, y más de 1.500 combatientes suyos quedaron en espera de integrarse en el Ejército de Liberación Popular de Sudán. El 23 de julio, el líder de la oposición armada Gatluak Gai resultó muerto en el estado de Unidad en circunstancias controvertidas, tres días después de firmar un acuerdo con la mediación de las autoridades locales. A principios de agosto, Peter Gadet, ex líder del Movimiento/Ejército de Liberación de Sudán del Sur, firmó un acuerdo con el gobierno, aunque algunas facciones disidentes continuaron actuando en nombre del grupo. El líder de la oposición armada Gabriel Tanginye y sus dos lugartenientes quedaron sometidos a arresto domiciliario en la capital, Yuba, en abril, tras combates librados entre sus fuerzas y el Ejército de Liberación Popular de Sudán en Alto Nilo y Yonglei. Al terminar el año continuaban recluidos sin cargos.
El 4 de noviembre, Peter Abdul Rahaman Sule, líder del grupo opositor Frente Democrático Unido, fue detenido en el estado de Ecuatoria Occidental por reclutar presuntamente a jóvenes. Al terminar el año continuaba recluido sin cargos.
El 19 de diciembre, George Athor, líder del grupo armado de oposición Movimiento Democrático de Sudán y de su rama militar, el Ejército de Sudán del Sur, murió a manos del Ejército de Liberación Popular de Sudán en el condado de Morobo, Sudán del Sur.
Los combates entre el Ejército de Liberación Popular de Sudán y grupos armados de oposición dieron lugar a la comisión, por todas las partes, de abusos contra los derechos humanos, incluidos homicidios ilegítimos de civiles y destrucción y saqueo de bienes. Los grupos armados de oposición usaron minas antitanque en las carreteras principales, y con ello causaron muertos y heridos entre la población civil.
El 8 de octubre, 18 civiles, entre los que había 4 menores de edad, murieron al pasar un autobús sobre una mina antitanque en la carretera que une Mayom y Mankien. El 29 de octubre hubo enfrentamientos entre el grupo armado de oposición escindido del Movimiento/Ejército de Liberación de Sudán del Sur y el Ejército de Liberación Popular de Sudán en Mayom, estado de Unidad. El Ejército de Liberación Popular de Sudán informó de 15 civiles muertos y 18 heridos.
El 16 de noviembre, un grupo armado de oposición al que se creía leal a George Athor atacó tres pueblos del condado de Pigi, estado de Yonglei, y quemó y saqueó bienes. Según los informes, cuatro civiles resultaron muertos y muchos otros huyeron.
En Yonglei se produjeron una serie de ataques de represalia entre los grupos étnicos lou nuer y murle. El 15 de junio, los lou nuer atacaron a los murle en el condado de Pibor: saquearon y quemaron varios poblados, y más de 400 personas murieron. El 18 de agosto, los murle lanzaron un ataque contra los lou nuer en el condado de Uror. Según se supo más de 600 personas murieron y más de 200 desaparecieron. Siete pueblos fueron destruidos. La ONU calculaba que unas 26.000 personas se vieron desplazadas como consecuencia de los combates. Un miembro del personal de Médicos Sin Fronteras murió, y el recinto y la clínica de la organización fueron saqueados y quemados. El almacén del Programa Mundial de Alimentos fue saqueado en ese mismo incidente. Desde el 31 de diciembre, miembros armados del grupo étnico lou nuer atacaron a los murle en la localidad de Pibor, saquearon la clínica de Médicos Sin Fronteras y quemaron casas de civiles. A consecuencia del ataque, decenas de miles de personas se vieron obligadas a desplazarse y cientos murieron.
Los combates entre comunidades ocurridos el 17 de septiembre en el condado de Mayiandit, estado de Unidad, en la frontera con el estado de Warrap, causaron la muerte de 46 personas y el desplazamiento de 5.000.
Las fuerzas de seguridad hostigaron y recluyeron arbitrariamente a periodistas, miembros de grupos de oposición y manifestantes por criticar al gobierno.
El 23 de agosto, en Kuacjok, estado de Warrap, el parlamentario Dominic Deng Mayom Akeen fue detenido y agredido por personal de seguridad armado. Estuvo recluido durante un día en relación con una declaración a los medios de comunicación acerca de la escasez de alimentos.
El 30 de septiembre, Nhial Bol, redactor jefe del periódico Citizen, fue detenido y pasó un breve periodo bajo custodia policial tras la publicación de un artículo en el que se denunciaba la corrupción de un ministro del estado de Warrap en relación con el cierre de las oficinas de una compañía petrolera china y la detención de su director general.
El 4 de octubre, los estudiantes de enseñanza secundaria de Wau, en el estado de Bahr el Ghazal Occidental, protestaron pacíficamente contra el alza de los precios de los alimentos y los bajos salarios de los docentes. Las fuerzas de seguridad respondieron con disparos y gas lacrimógeno. Al menos siete personas, entre ellas estudiantes, fueron detenidas, y al terminar el año continuaban recluidas en la prisión de Wau; dos personas murieron debido a heridas producidas por disparos de las fuerzas de seguridad.
Ngor Garang y Dengdit Ayok, redactor jefe y periodista, respectivamente, del periódico The Destiny, fueron detenidos por separado a principios de noviembre por miembros de los Servicios de Seguridad Nacional. Al parecer, Ngor Garang fue golpeado durante su reclusión. Los dos quedaron en libertad el 18 de noviembre. Se creía que su detención estaba relacionada con un artículo en el que se criticaba al presidente.
Las fuerzas de seguridad, incluido el Servicio de Policía de Sudán del Sur, fueron responsables de ejercer hostigamiento, detenciones y tortura y otros malos tratos, en muchos casos contra personal de la ONU y de ONG. Varias personas fueron objeto de desaparición forzada. El 26 de julio, el presidente ordenó la disolución del departamento especial de seguridad nacional e inteligencia de Sudán del Sur, incluido su departamento de seguridad pública. El ex director de seguridad pública e investigación criminal, general Marial Nour Jok, fue detenido y recluido el 30 de julio a raíz de unas denuncias sobre su participación en la creación de centros de detención ilegales, así como en casos de tortura y corrupción.
Seguía sin conocerse al final del año el paradero de John Louis Silvino, arquitecto del Ministerio de Vivienda que desapareció el 25 de marzo.
En octubre, cuatro agentes de policía fueron detenidos y se enfrentaban a juicio después de que Jackline Wani, de 17 años, fuera torturada por policías del Departamento de Investigación Criminal a raíz de un presunto robo cometido el 13 de junio.
Siguieron regresando personas originarias de Sudán del Sur que vivían en Sudán antes de la independencia, al no tener ya derecho de ciudadanía allí. Al terminar el año, más de 10.000 personas permanecían en campos de desplazados internos en el apeadero ferroviario de Kosti, en Sudán, esperando el retorno a Sudán del Sur.
A partir de junio se produjo una gran afluencia de refugiados de Sudán tras estallar el conflicto entre las Fuerzas Armadas de Sudán y el grupo armado de oposición Ejército de Liberación Popular de Sudán-Norte.
Más de 150 presos estaban en espera de ejecución. Al menos cinco personas fueron ejecutadas: una en agosto en la prisión de Yuba, dos el 11 de noviembre y dos el 21 de noviembre en la prisión de Wau.
