Benigno « Noynoy » Aquino III a entamé en juin la deuxième année de son mandat présidentiel. Des cas de torture, d’exécution extrajudiciaire et de disparition forcée ont encore été signalés. Des centaines de violations commises les années précédentes n’avaient toujours pas été élucidées. En septembre, des poursuites pénales pour actes de torture ont été ouvertes, pour la première fois dans l’histoire du pays. Les femmes comme les hommes étaient toujours confrontés à de sévères restrictions de leur droit à la santé en matière de procréation, notamment en ce qui concerne l’accès à la contraception. Les Philippines ont ratifié en août le Statut de Rome de la Cour pénale internationale.
Le gouvernement a entamé en février des pourparlers de paix avec les deux principaux mouvements d’opposition armée, le Front de libération islamique moro (MILF) et la Nouvelle Armée du peuple (NPA), branche armée du Parti communiste des Philippines (CPP). Après une relative accalmie, les affrontements ont repris en fin d’année.
Des militants et des journalistes ont cette année encore été tués pour des raisons politiques. Les États-Unis ont annoncé en novembre qu’ils allaient suspendre une partie de l’aide militaire accordée aux Philippines, tant que le pays n’aurait pas pris de mesures pour lutter contre le phénomène des exécutions extrajudiciaires.
Des centaines de cas de disparition forcée n’avaient toujours pas été élucidés. Selon des chiffres diffusés en août par l’organisation des Familles des victimes de disparitions forcées (FIND), le nombre moyen de disparitions forcées par an n’avait guère changé depuis le renversement de Ferdinand Marcos, en 1986. Il y avait eu 875 cas répertoriés pendant les 21 ans de ce dernier au pouvoir, contre 945 au cours des 25 années qui ont suivi.
Pour la première fois, des membres des forces de sécurité ont été poursuivis au titre de la législation contre la torture. De nouveaux cas de torture et autres mauvais traitements imputables aux forces de sécurité ont néanmoins été signalés. L’issue des procès intentés au pénal pour des infractions de droit commun dépendait toujours beaucoup des déclarations des témoins, ainsi que des « aveux », parfois obtenus sous la contrainte, des accusés eux-mêmes.
Les militants, même pacifiques, risquaient d’être harcelés, arrêtés et placés en détention par l’armée aux abords des zones où ses troupes étaient déployées.
La politique du gouvernement en matière de contrôle des naissances était discriminatoire à l’égard des femmes et portait atteinte au droit de ces dernières de jouir du meilleur état de santé possible, dans la mesure où elle restreignait leur accès à la contraception et à l’information sur le planning familial. L’avortement restait interdit par la loi en toutes circonstances, sauf avis d’une commission médicale attestant que la poursuite de la grossesse mettrait en danger la vie de la femme. Les débats se sont poursuivis au Parlement sur le projet de loi relatif à la santé de la procréation, qui prévoyait de supprimer les interdictions et les obstacles s’opposant aux services et à l’information en matière de santé génésique.