O Sudão do Sul transformou-se em um país independente em 9 de julho, seis meses após o referendo estabelecido no Acordo de Paz Global de 2005. As negociações com o Sudão quanto à divisão do petróleo, à cidadania e à demarcação de fronteiras continuaram. O conflito armado e a violência intercomunitária provocaram matanças, desalojamentos em massa e destruição de propriedades. As forças de segurança prenderam e detiveram arbitrariamente jornalistas, membros de grupos de oposição e manifestantes. O influxo de sudaneses do sul que se refugiaram ou retornaram do Sudão continuou alto.
A Constituição de Transição da República do Sudão do Sul (Constituição Transicional) foi adotada pela Assembleia Legislativa do Sudão do Sul e entrou em vigor em 9 de julho por um período temporário indeterminado. Uma provisão dentro da Constituição Transicional permitiu a integração de membros sulistas do Parlamento do Sudão à Assembleia Legislativa do Sudão do Sul.
A missão da ONU no Sudão do Sul (UNMISS) passou a operar em 9 de julho, por um período inicial de um ano. No mesmo mês, o Sudão do Sul tornou-se membro da Organização das Nações Unidas e da União Africana.
Líderes de grupos armados de oposição assinaram acordos de cessar-fogo com o governo, e mais de 1.500 combatentes aguardavam sua integração ao Exército Popular de Libertação do Sudão (SPLA). Em 23 de julho, o líder do grupo armado de oposição Gatluak Gai foi morto em circunstâncias polêmicas três dias após ter assinado um acordo, negociado pelas autoridades locais do estado de Unity. No início de agosto, Peter Gadet, ex-líder do Exército/Movimento para a Libertação do Sudão do Sul (SSLM/A), assinou um acordo com o governo, embora facções dissidentes de seu grupo continuassem atuando sob o SSLM/A. Gabriel Tanginye, líder de um grupo armado de oposição, e dois de seus vice-líderes remanesceram sob prisão domiciliar na capital, Juba, imposta em abril, após as lutas entre suas forças e o SPLA no Alto Nilo e em Juncáli. Até o fim do ano, nenhuma acusação havia sido feita contra eles.
Em 4 de novembro, Peter Abdul Rahaman Sule, líder do grupo de oposição Frente Democrática Unida, foi detido no estado de Equatória Ocidental supostamente por recrutar jovens. Ao final do ano, ele permanecia preso sem acusação.
Em 19 de dezembro, George Athor, líder do grupo armado de oposição Movimento Democrático do Sudão e do Exército do Sudão do Sul, seu braço militar, foi morto pelo SPLA no condado de Morobo, Sudão do Sul.
A luta entre o SPLA e os grupos armados de oposição resultou em abusos dos direitos humanos da parte de todos os envolvidos, incluindo matanças ilegais de civis, saques e destruição de propriedades. Grupos armados de oposição usaram minas antitanque ao longo das principais estradas, causando mortes e ferimentos de civis.
Em 8 de outubro, 18 civis, incluindo quatro crianças, foram mortos quando um ônibus passou por cima de uma mina antitanque, na estrada entre as cidades de Mayom e Mankien. Em 29 de outubro, um grupo armado de oposição dissidente do SSLM/A entrou em confronto com o SPLA em Mayom, estado de Unity. O SPLA relatou um saldo de 15 civis mortos e 18 feridos.
Em 16 de novembro, um grupo armado de oposição, que se acredita ser leal a George Athor, atacou três vilarejos no condado de Pigi, estado de Juncáli, queimando e saqueando propriedades. Quatro civis teriam sido mortos e muitos outros fugiram.
Uma série de ataques de retaliação ocorreu entre os dois grupos étnicos de Juncáli, lou nuer e murle. Em 15 de junho, o grupo lou nuer atacou o murle no condado de Pibor, onde diversos vilarejos foram saqueados e queimados, deixando mais de 400 pessoas mortas. Em 18 de agosto, o grupo murle lançou um ataque contra o lou nuer no condado de Uror, em decorrência do qual mais de 600 pessoas teriam sido mortas e mais de 200 ficaram desaparecidas. Sete vilarejos foram destruídos. Segundo estimativas da ONU, cerca de 26 mil pessoas foram desalojadas em decorrência dos confrontos. Um funcionário dos Médicos sem Fronteiras (MSF) foi morto. A clínica e o ambulatório do MSF foram saqueados e queimados. O armazém do Programa Alimentar Mundial também foi saqueado no mesmo incidente. A partir de 31 de dezembro, membros armados do lou nuer atacaram o murle na cidade de Pibor, onde saquearam a clínica do MSF e queimaram casas de civis. Dezenas de milhares de pessoas ficaram desalojadas, e centenas foram mortas durante o ataque.
Em 17 de setembro, conflitos intercomunitários no condado de Mayiandit, estado de Unity, na divisa com o estado de Warrap, levaram 46 pessoas à morte e deixaram 5 mil desalojadas.
As forças de segurança hostilizaram e prenderam arbitrariamente jornalistas, membros de grupos da oposição e manifestantes, por criticarem o governo.
No dia 23 de agosto, em Kuacjok, estado de Warrap, o parlamentar Dominic Deng Mayom Akeen foi preso e agredido por agentes de segurança armados. Ele foi detido por um dia em função de uma declaração feita à imprensa sobre a falta de alimentos.
Em 30 de setembro, Nhial Bol, redator-chefe do jornal Citizen, foi preso e detido brevemente pela polícia após publicar um artigo denunciando corrupção da parte de um ministro do estado de Warrap após o fechamento dos escritórios de uma companhia de petróleo chinesa e a prisão de seu gerente geral.
Em 4 de outubro, os estudantes da escola secundária de Wau, no estado de Bahr al Ghazal Ocidental, protestaram pacificamente contra o aumento dos preços dos alimentos e os baixos salários dos professores. As forças de segurança responderam com tiros e bombas de gás lacrimogênio. Pelo menos sete pessoas, incluindo estudantes, foram presas e, no fim do ano, elas permaneciam em detenção na prisão de Wau; duas pessoas morreram em função de ferimentos causados por tiros disparados pelas forças de segurança.
Ngor Garang e Dengdit Ayok, respectivamente editor-chefe e repórter do jornal The Destiny, foram presos, separadamente, no início de novembro, por membros dos serviços de segurança nacional. Segundo consta, Ngor Garang foi espancado na prisão. Ambos foram soltos em 18 de novembro. Acredita-se que a prisão dos dois estaria relacionada a um artigo que criticava o presidente.
As forças da segurança, inclusive o Serviço Policial do Sudão do Sul (SSPS), perseguiram, prenderam, torturaram e maltrataram pessoas, dentre as quais funcionários da ONU e de ONGs. Alguns indivíduos foram submetidos a desaparecimentos forçados. Em 26 de julho, o presidente requisitou a dissolução do departamento especial do serviço nacional de informações e segurança do Sudão do Sul, assim como do seu setor de segurança pública. O general Marial Nour Jok, ex-diretor de segurança pública e investigação criminal, foi preso e detido, em 30 de julho, após denúncias de que ele participou no estabelecimento de centros de detenção ilegais e em casos de tortura e corrupção.
O paradeiro de John Louis Silvino, arquiteto do Ministério da Habitação, continua desconhecido desde o seu desaparecimento, em 25 de março.
Em outubro, quatro policiais foram presos e enfrentaram julgamento após a tortura de Jackline Wani, de 17 anos, conduzida por policiais do Departamento de Investigação Criminal após acusações de roubo, em 13 de junho.
Cidadãos do Sudão do Sul que residiam no Sudão antes da independência continuaram a retornar, por terem perdido o direito à cidadania do Sudão. Até o fim do ano, mais de 10 mil pessoas permaneciam em acampamentos para desalojados, no posto de trânsito de Kosti, no Sudão, a espera do retorno ao Sudão do Sul. A partir de junho, houve um grande influxo de refugiados do Sudão, após a erupção de conflitos entre as Forças Armadas Sudão (SAF) e o grupo armado de oposição Exército de Libertação Popular do Sudão Norte (SPLA-N).
Mais de 150 prisioneiros estavam no corredor da morte. Pelo menos cinco pessoas foram executadas: uma em agosto, na prisão de Juba, duas em 11 de novembro e outras duas em 21 de novembro, na prisão de Wau.
